En cumplimiento de la legislación vigente, el obispo de Calahorra y La Calzada Francisco Mateo Aguiriano dictaba una Circular el 28 de julio de 1804 proponiendo la construcción de un camposanto en Calahorra. El proyecto fue elaborado por Valerio Ascorbebeitia en 1804 y la construcción corrió a cargo de Manuel Sáenz de Calahorra. El nuevo cementerio se bendijo el 1 de junio de 1806 en una ceremonia solemne con procesión y bendición de la capilla cementerial. El costo de la obra fue sufragado a medias entre la catedral y las parroquias de Santiago y San Andrés. El reglamento que lo regía fue aprobado por el obispo de la diócesis el 7 de junio de 1806.
Estaba situado muy cerca de la ermita de la Concepción y era un recinto rectangular de 300x150 varas, que pudo haber contado con andanas de nichos. No se conoce su distribución interna aunque la diferenciación de sepulturas (de oficio mayor, de pompa o aparato, de oficio mediano, de oficio menor, de pobres y para párvulos) así como la existencia de un espacio acotado para eclesiásticos, hace pensar en manzanas o zonas separadas por calles, siguiendo un trazado tradicional. De este recinto siempre se dijo que estaba desatendido, mal gestionado y desordenado y que su situación no era adecuada.
El Boletín Oficial de la Provincia de Logroño publicó el 23 de diciembre de 1884 un listado de los cementerios de la provincia, especificando las carencias y ordenando el cierre de aquellos que no cumplían las condiciones requeridas. Del cementerio de Calahorra dice textualmente: “Está próximo á la población y carece de sala de autopsias teniendo un depósito de cadáveres en malas condiciones. Procede su clausura”. Fue cerrado definitivamente por orden del Gobernador Civil de la provincia el 19 de septiembre de 1885, tras lo que comenzó un lento declive. Las denuncias por su mal estado fueron continuas por lo que en 1915 comenzó a pensarse en el traslado de todos los restos a una fosa común del nuevo cementerio y en la reutilización del terreno, aunque la exhumación definitiva se retrasó hasta 1922. Los terrenos fueron cedidos al Asilo como heredad de cultivo hasta la construcción del colegio Ángel Oliván en los aledaños.